幾乎所有標榜不施農藥和化肥的“有機蔬菜”都必須依靠有機肥，而有機肥當中又有相當一部分來自家禽家畜等動物（包括人類）的糞便，這就給消費者提出了一個新問題：動物吃下去的抗生素到底有多少會隨著排泄物排出體外？其中又會有多少進入蔬菜中？
全球每年消耗的抗生素有90%以上都被用在了畜牧業
事實上，畜牧業對人體健康最大的危害來自該行業內普遍存在的一項潛規則：抗生素的濫用。
抗生素不但能讓動物少生病，還能讓動物少吃飼料多長肉，所以大多數飼養場的老板都很樂意使用抗生素。據統計，目前全球每年消耗的抗生素有90%以上都被用在了畜牧業，其中大部分被作為添加劑加入到飼料中。僅在美國，每年就有超過1萬噸抗生素進入了家禽家畜的體內，然後再被運到各個國家超市裏的肉製品和奶製品櫃台上。
濫用抗生素能加速有害細菌產生抗藥性，導致常規的抗生素治療失效，其潛在後果遠比三聚氰胺更加嚴重。前幾年曾經在西方國家引發恐慌的“超級病菌”（MRSA，一種能抗多種抗生素的金黃色葡萄球菌）就是濫用抗生素導致的惡果。
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