2014年12月23日，台灣地區“衛生福利部”發布部授疾字第1030101711號令，修訂“港埠檢疫規則”，如下：
港埠檢疫規則
第 一 章 總則
第 一 條 本規則依傳染病防治法第五十九條第三項規定訂定之。
第 二 條 本規則用詞，定義如下：
一、 港埠：指設置於“我國”（境）內之國際港埠與“國內”港埠。
二、 國際港埠：指主要供國際運輸工具及其人員入出之港埠或指定特殊港埠。
三、 “國內”港埠：指國際港埠以外之港埠。
四、 港埠經營管理機關（構）：指依法負責港埠經營管理之機關，或受港埠主管機關委托、委任或委辦負責港埠經營管理之機關或公、民營事業機構。
五、 運輸工具：指船舶、航空器。
六、 “國內”續航：指船舶自國（境）外入國（境）後至駛離“我國”期間，繼續至“我國”其它港埠航行或靠泊。
七、 船舶衛生證明書：指船舶免予衛生管製證明書或船舶衛生管製證明書。
八、 傳染病病人：指感染傳染病或疑似傳染病之病人，以及感染傳染病病原體之人。
第 三 條 國際港埠之檢疫單位為“衛生福利部疾病管製署”；“國內”港埠之檢疫單位為所在地之地方主管機關。
第 四 條 檢疫單位發現傳染病或疑似傳染病時，應將傳染病病人及其接觸者之數據，傳送至居住地之地方衛生主管機關辦理追蹤防治。
第 五 條 國際港埠經營管理機關（構）應會同檢疫單位組成工作小組或會報，協調各機關（構）、公、民營事業機構，以確保該港埠具備下列能力：
一、 提供旅客適宜醫療服務。
二、 提供旅客安全衛生環境，包括飲水、食物、盥洗、廢棄物處理、室內空氣質量及病媒管製。
三、 對可能構成國際關注之公共衛生突發事件，及時為適切之應變。
第 六 條 檢疫單位得於港埠設檢疫站，並辦理下列事項：
一、 人員健康之監視。
二、 運輸工具之檢疫。
三、 港區及運輸工具病媒之監測。
四、 其它“中央”主管機關公告之事項。
第 七 條 “國內、外”流行疫情有傳入、出國（境）之虞時，檢疫單位得實行下列措施；必要時得商請各機關（構）、公、民營事業機構協助，或會同為之：
一、 對人員、物品、郵包、行李、屍體、貨櫃、貨物與運輸工具，施行管製及防疫措施。
二、 督導運輸工具之所有人、使用人、管理人、駕駛人或代理人（以下簡稱負責人）及港埠內各機關（構）、公、民營事業機構，施行環境消毒或病媒防治措施。
前項之措施由港埠經營管理機關（構）動員，並協調港埠內各機關（構）、公、民營事業機構配合辦理之。
第 二 章 運輸工具檢疫
第 八 條 運輸工具應接受檢疫。但有下列情形之一者，不在此限：
一、 供軍用。
二、 僅航行於“國內”港埠間。
三、 無人員上下及貨物裝卸之過境。
前項各款所列運輸工具在航行中發現有傳染病病人或其屍體，或有其它防治需要時，仍應接受檢疫。
第 九 條 自國（境）外進入國際港埠之船舶，應於抵港前七十二小時至四小時期間，由船長向檢疫單位通報下列事項：
一、 船舶名稱、呼號及航次。
二、 最後啟航地點、日期及時間。
三、 抵達前三十日內停泊之港口及啟航日期。
四、 預定抵達之日期及時間。
五、 船舶衛生證明書之種類、發給地點及日期。
六、 工作人員及旅客人數。
七、 抵達前三十日內，船舶上有無發現人員死亡或傳染病病人及其相關資料。
八、 抵達前三十日內，船舶上有無發現不明原因之動物死亡情形。
九、 有無鼠類或病媒孳生。
十、 其它相關事項。
船舶於當次航行時間未達四小時者，經檢疫單位許可，得於啟航前完成通報。
經通報後，有人員死亡或發現傳染病病人時，應立即向檢疫單位通報其感染或死亡之人數、姓名、症狀或死因等相關資料。
檢疫單位依前三項之通報，認為該船舶無散播傳染病之虞時，許可入港。
第 十 條 國（境）外進入國際港埠之船舶，應檢具下列數據，向檢疫單位完成進入港埠檢疫手續：
一、 海事衛生聲明書。
二、 航程表。
三、 船舶衛生證明書。
四、 其它檢疫必要之數據。
下列船舶，得免檢具前項第一款至第三款資料：
一、 總噸位五百噸以下遊艇。
二、 無動力駁船。
三、 遠洋漁船以外之漁船。
檢疫單位於必要時，得派員檢查船舶之衛生狀況。
第 十一 條 船舶於駛離國際港埠前，應經檢疫單位許可，始得出港。
檢疫單位依第九條通報內容，認為船舶無散播傳染病之虞時，得於許可入港時，一並許可其出港。
第 十二 條 檢疫單位獲知新事證，認為船舶有散播傳染病之虞時，得廢止其入港及出港許可。
第 十三 條 自國（境）外進入國際港埠之船舶，有下列情形之一者，應接受登船檢疫：
一、 抵達前三十日內船舶上有人員死亡、不明原因之動物死亡或傳染病病人。
二、 未依規定申請或未通過檢疫審查。
三、 未依規定懸掛防鼠盾，於港埠泊岸期間經勸導仍未改善。
四、 其它有檢疫之必要。
前項船舶有下列情形之一者，得免接受登船檢疫：
一、 自前次駛離“我國”港埠至本次抵達期間內未再有前項各款同一情形。
二、 進港前經醫師、法醫師證明非因傳染病或疑似傳染病致死。
船舶於“國內”續航期間，有人員死亡、不明原因之動物死亡或傳染病病人，且有散播傳染病之虞時，應接受登船檢疫。
第 十四 條 應於檢疫單位指定之地點接受登船檢疫之船舶，有下列情形之一，經檢疫單位許可者，得先行進港再接受登船檢疫：
一、 因氣候惡劣、登船困難或其它安全因素。
二、 船上人員傷病，須緊急送醫。
三、 機器故障，無法錨泊。
第 十五 條 自國（境）外進入國際港埠之航空器，於本航次飛航途中發現有人員死亡、不明原因之動物死亡或傳染病病人時，負責人應即向檢疫單位通報下列事項：
一、 航空器名稱。
二、 最後啟航地點、日期、時間及預定抵達之日期及時間。
三、 工作人員及旅客人數。
四、 傳染病病人或死亡個案之人數、姓名、症狀或死因等相關資料。
五、 不明原因死亡動物之種類、數量等相關資料。
前項航空器有散播傳染病之虞時，應配合接受登機檢疫。
第 十六 條 接受登船（機）檢疫之運輸工具，船（機）長及其相關人員應配合下列事項，不得規避、妨礙或拒絕：
一、 依檢疫單位要求，於進港前對所載人員及物品施行必要之衛生措施。
二、 依檢疫單位指定之時間、地點及方式接受登船（機）檢疫。
三、 檢疫單位實施登船（機）檢疫時，指派人員陪同檢疫。
四、 據實答複有關檢疫之詢問。
第 十七 條 運輸工具有散播傳染病之虞時，應依檢疫單位指示，辦理下列事項：
一、 至指定之檢疫地點或後續適當處理之港埠接受檢疫。
二、 進行必要且切實之消毒、除汙或病媒防治措施。
前項運輸工具為船舶者，其因設備、能力或其它事由，致無法辦理前項第二款之措施時，船長應以書麵通知檢疫單位，並檢附船舶衛生證明書正本，由檢疫單位加注後，懸掛檢疫信號，即行出港。
第 十八 條 運輸工具有散播傳染病之虞時，檢疫單位得對運輸工具及載運之人員、物品進行隔離措施。
前項運輸工具未經檢疫單位許可前，其載運之人員、物品應予留置，不得接觸其它人員及物品；其人員經遷移至陸上之隔離場所者，亦同。
前項運輸工具為船舶者，其不願接受隔離措施時，船長應以書麵通知檢疫單位後，懸掛檢疫信號，即行出港。
第 三 章 人員檢疫
第 十九 條 入、出國（境）人員，應依檢疫單位指示，辦理下列事項：
一、 提供相關聯絡信息。
二、 提供旅遊史、接觸史、疾病史、健康文件、預防接種證明書、相關傳染病書表或其它有關信息。
三、 接受醫學檢查。
四、 接受疫苗接種或其它預防措施。
五、 接受檢體采集送驗、送醫治療或其它檢疫措施。
六、 其它防疫、檢疫必要措施。
檢疫單位施行前項措施時，應以書麵告知；對外籍人士施行居家檢疫、集中檢疫或隔離治療措施時，應通知該國駐台機構。
第 二十 條 為防範國際間傳染病之流行，“中央”主管機關得采取下列措施：
一、 提供黃熱病、流行性腦脊髓膜炎或其它國際預防接種服務。
二、 提供預防瘧疾或其它傳染病之藥品。
前項業務，得委由相關機關或醫療機構辦理。
第二十一條 檢疫單位執行檢疫措施時，對接受醫學檢查、檢疫、隔離或其它措施之人員，應視需要提供其食物、飲水、衣服、住處、通訊工具、醫療服務或其它適當之協助。
第二十二條 旅客於入國（境）時已接受相關之檢疫措施，經評估無直接危害公共衛生時，檢疫單位得準許其繼續國際旅行；必要時，並得委由運輸工具負責人通知該旅客預定抵達下一港埠之相關單位。
第二十三條 旅行業代表人、導遊或領隊，應依各級主管機關之要求，配合辦理下列事項：
一、 執行各級主管機關公告之檢疫措施。
二、 發放檢疫相關資料。
三、 轉知旅遊地區傳染病信息及衛生教育倡導予旅客。
四、 接受旅遊傳染病相關教育訓練。
五、 審慎安排旅遊行程、飲食、住宿，避免旅客暴露受感染或可能受汙染之環境。
六、 提供旅遊行程、飲食、住宿及旅客個人之資料，包括姓名、身分證明文件或護照之號碼、住址、連絡電話或其它連絡之管道。
七、 通報旅遊途中或入境時出現疑似傳染病症狀之旅客及其它團員名單。
八、 其它檢疫、防疫相關措施。
第二十四條 運輸工具負責人應督促所屬或相關人員，配合辦理下列事項：
一、 保持運輸工具無感染或汙染源，包括無病媒及病源窩藪。
二、 執行各級主管機關所定檢疫事項。
三、 發放檢疫相關資料。
四、 衛生教育倡導。
五、 配合各級主管機關疫情調查防治需要，提供相關數據。
六、 滯港船員、機組人員或旅客疑似傳染病就醫之通報，並於其就醫後將醫院診斷證明書送至檢疫單位。
七、 其它檢疫、防疫相關措施。
經營、申請、辦理？客入出境？遇服務或緊急傷病、重病旅客通關之相關機構負責人應依前項第二款至第七款規定辦理；發現有人員死亡或傳染病病人時，應通知檢疫單位。
第二十五條 各級主管機關對於因檢疫而搜集之個人資料，應予保密，不得無故泄漏，並加密處理。
各級主管機關為評估及防治公共衛生危害，得處理及利用前項個人資料，並應以確保符合檢疫目的之方式為之。
第二十六條 辦理屍體入、出國（境）者，應於入、出國（境）前，檢具死亡證明書或其它證明死因之文件，向檢疫單位申請檢疫；其因罹患傳染病致死者，應依傳染病防治法處理。
骨灰、骨骸入、出國（境），得免予施行檢疫。
第 四 章 船舶衛生
第二十七條 自國（境）外進港之船舶，依第十條規定申辦入港手續時，其檢附之海事衛生聲明書，應由船長填寫並簽名；該船舶置有船醫者，並應經船醫副署。
第二十八條 自國（境）外進港之船舶，依第十條第一項第三款規定檢附之船舶衛生證明書，應在有效期間內，並保持船舶衛生安全。
前項證明書屆期前，應向檢疫單位申請核發新證，檢疫單位因故未能實施檢查者，得就其原證明書聲明予以展延；其展延之期間，以一個月為限。申請時證明書已逾期者，檢疫單位因故未能實施檢查時，得於船舶提出書麵聲明後，發給放行簽證。
船舶衛生證明書記載之船舶名稱或國籍有變更時，應向檢疫單位申請變更。
第二十九條 船舶有下列情形之一者，應由船長實施消毒、除汙或病媒防治等衛生管製措施，並於完成後向檢疫單位申請檢查：
一、發現傳染病病人或其屍體。
二、經衛生檢查發現環境衛生不良或有病媒孳生。
三、發現動物因不明原因死亡，且有散播傳染病之虞。
四、駛進幹燥船塢前或解體船隻，且有散播傳染病之虞。
五、其它檢疫單位認有必要時。
船舶因故無法實施前項衛生管製措施時，檢疫單位應於船舶衛生證明書上載明所發現之事實、證據及需要采取之措施。
第 三十 條 船長實施前條衛生管製措施，必要時應依檢疫單位指示，騰空船舶或船艙。未完成前，船舶不得移動或使用，並禁止非工作人員接近。
第三十一條 檢疫單位實施第二十八條第二項及第二十九條第一項檢查，其檢查時間及船舶應配合之事項，由檢疫單位定之。
經排定實施檢查之船舶，因故無法在排定時間內接受檢查時，船長應事先通知檢疫單位；檢疫單位得因實際狀況變更其檢查時間。
第 五 章 港區衛生
第三十二條 港埠內各機關（構）應維持港埠區域內衛生安全，並應執行或配合相關衛生措施。
各目的事業主管機關應督導辦理前項所規定之事項。
第三十三條 檢疫單位為防範傳染病傳入、出國（境），得於港埠區域或運輸工具內，實施病媒調查及衛生管製措施，相關機關（構）、公、民營事業機構應予配合，不得規避、妨礙或拒絕。
第三十四條 航行於國際之船舶，於港埠泊岸期間，應實行有效病媒防治措施，並應懸掛防鼠盾。但因不可抗力致未能懸掛者，不在此限。
第 六 章 “國內”港埠檢疫
第三十五條 “國內”港埠有下列情形之一者，檢疫單位應施行檢疫：
一、 對通報有人員感染傳染病或疑似傳染病之進港船舶及其載運之人員、物品。
二、 對運輸工具、物品或人員認有檢疫之必要。
三、 其它“中央”主管機關公告之檢疫事項。
第三十六條 “國內”港埠檢疫單位應辦理之檢疫事項如下：
一、 督導載運傳染病病人或其屍體之運輸工具負責人，實施消毒、除汙或病媒防治等衛生管製措施。
二、 於港埠區域內，實施病媒調查及衛生管製措施。
三、 抽查自國（境）外進港運輸工具之衛生狀況及相關文件、資料，並視需要實施病媒調查及衛生管製措施。
四、 其它“中央”主管機關公告之檢疫事項。
辦理前項工作時，相關機關（構）、公、民營事業機構應予配合，不得規避、妨礙或拒絕。
第三十七條 運輸工具負責人及“國內”港埠內各機關（構）、公、民營事業機構，發現自國（境）外進入“國內”港埠之運輸工具上有人員死亡、不明原因之動物死亡或傳染病病人時，應即通報檢疫單位。
前項運輸工具負責人應通報之事項，準用第十五條第一項各款規定。
第 七 章 附則
第三十八條 檢疫單位工作人員執行檢疫職務時，應穿著製服或配戴識別證。
第三十九條 經分析為傳染病病人者，檢疫單位得移送至指定醫療機構接受診療或隔離治療。
前項人員所需之運送費、掛號費、診療費及其它診療相關費用，由主管機關支應。
第 四十 條 檢疫單位因氣候惡劣、登上運輸工具困難或其它安全因素，致執行業務有困難時，得實行替代措施。
第四十一條 過境旅客或滯港之船員、機組人員出現疑似傳染病症狀，且經檢疫單位評估有防疫、檢疫需要時，準用第十九條規定。
第四十二條 本規則自2015年1月1日施行。
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