食品亦和水及空氣一樣是人類生活的必需品，是人類生命的能源。食品衛生與人的健康關係極為密切。隨著人民生活水平的提高，對食品的質量和食品的安全性要求越來越高，不僅要求營養豐富、美味可口，而且要衛生經濟，因而對食品進行微生物檢驗至關重要。
食品微生物檢驗就是應用微生物學的理論與方法，研究外界環境和食品中微生物的種類、數量、性質、活動規律及其對人和動物健康的影響。它與食品微生物學、醫學微生物學、獸醫微生物學、農業微生物學、衛生學等關係甚為密切，與傳染病學、免疫學、病理學、組織學、解剖學等也有一定的聯係。
食品微生物檢驗方法為食品監測必不可少的重要組成部分。
首先，它是衡量食品衛生質量的重要指標之一，也是判定被儉食品能否食用的科學依據之一。
其次，通過食品微生物檢驗，可以判斷食品加工環境及食品衛生情況，能夠對食品被細菌汙染的程度作出正確的評價，為各項衛生管理工作提供科學依據，提供傳染病和人類、動物的食物中毒的防治措施。
再次，食品微生物檢驗是以貫徹“預防為主”的衛生方針，可以有效池防止或者減少食物中毒和人畜共患病的發生，保障人民的身體健康；同時，它對提高產品質量，避免經濟損失，保證出口等方麵具有政治上和經濟上的重大意義。
食品不論在產池或加工前後，均可能遭受微生物的汙染。汙染的機會和原因很多，一般有：食品生產環境的汙染，食品原料的汙染，食品加工過程的汙染等，根據食品被細菌汙染的原因和途徑可知，食品微生物檢驗的範圍包括以下幾點：
1.生產環境的檢驗
車間用水、空氣、地麵、牆壁等。
2．原輔料檢驗
包括食用動物、穀物、添加劑等一切原輔材料
3．食品加工、儲藏、銷售諸環節的檢驗
包括食品從業人員的衛生狀況檢驗、加工工具
4．食品的檢驗
重要的是對出廠食品、可疑食品及食物中毒食品的檢驗
食品微生物檢驗的指標
食品微生物檢驗的指標就是根據食品衛生的要求，從微生物學的角度，對不同食品所提出的與食品有關的具體指標要求。我國衛生部頒布的食品微生物指標有菌落總數、大腸菌群和致病菌三項。
1．菌落總數
菌落總數是指食品檢樣經過處理，在一定條件下培養後所得1a或1mL校樣中所含細菌苗落的總數。它可以反應食品的新鮮度、被細菌汙染的程度、生產過程中食品是否變質和食品生產的一般衛生狀況等。因此它是判斷食品衛生質量的重要依據之一。
2．大腸菌群
包括大腸杆菌和產氣杆菌的一些中間類型的細菌。這些細菌是寄居於人及溫血動物腸道內的常居菌，它隨著大便排出體外。食品中如果大腸菌群數越多，說明食品受糞便汙染的程度越大。故以大腸菌群作為糞便汙染食品的衛生指標來評價食品的質量，具有廣泛的意義。
1.致病菌
致病菌即能夠引起人們發病的細菌。對不同的食品和不同的場合，應選擇一定的參考菌群進行檢驗。例如：海產品以副溶血性弧菌作為參考菌群，蛋與蛋製品以沙門氏菌、金黃色葡萄球菌、變形杆菌等作為參考菌群，米、麵類食品以蠟樣芽胞杆菌、變形杆菌、黴菌等作為參考菌群，罐頭食品以耐熱性芽胞菌作為參考菌群等等。
4．黴菌及其毒素
我國還沒有製定出霞菌的具體指標，鑒於有很多黴菌能夠產生毒素，引起疾病應該對產毒黴菌進行檢驗。例如：曲黴屬的黃曲留、寄生曲留等，青黴屬的桔青留青留等，鐮刀黴屬的串珠鐮刀舀、禾穀鐮刀黴等等。
5．其他指標
微生物指標還應包括病毒，如肝炎病毒、豬瘟病毒、雞新城疫病毒、馬立克氏病毒、口蹄疫病毒、狂犬病病毒，豬水池病毒等；另外，從食品檢驗的角度考慮，寄生蟲也被很多學者列為微生物檢驗的指標：如旋毛蟲、住肉袍子蟲、蛔蟲、肺吸蟲、弓形體、蟎、薑片吸蟲、中華分枝睾吸蟲等等。
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