Foundation Medicine展示了ctDNA檢測驗證成果
Foundation Medicine公司宣布，已驗證了循環腫瘤DNA（ctDNA）檢測，計劃在本季度末發布“FoundationAct”檢測試劑盒。該公司高級研究員Geoff Otto在會議報告中提到，FoundationAct將主要檢測61個基因，這些基因源自FoundationOne試劑盒中有批準療法的基於組織的300多個基因的一個子集。該檢測能鑒定出10ml血液中等位基因頻率為0.5%的突變。FoundationAct將麵向那些無法進行標準組織活檢的患者，或者組織活檢無法有效檢測的患者，例如具有多發轉移瘤的晚期患者。
公司計劃采用2x175 bp雙端（paired-end）測序，同時選用了一種分子條形碼和誘餌策略，來確保均一的覆蓋度和擴增量，檢測潛在汙染。為了與臨床相關，公司希望該種檢測能夠可靠地檢測到頻率為0.5%的SNVs，以及頻率為1%的插入/缺失（indels）和拷貝數變異（CNVs），同時確保至少90%的敏感度和低於0.05%的錯誤率。一個周期時間約為10~14天。為了達到這些標準，公司需要加深測序深度，平均達到5000×的覆蓋度。
初步實驗結果證明，在提取的ctDNA至少為25ng的樣本中，90%的樣本外顯子平均覆蓋度達到5000×，超過99%的外顯子覆蓋度超過2500×，促使他們繼續研發這個檢測技術。
Otto說，這個檢測試劑盒的一個關鍵組分就是誘餌策略，可以用來檢測汙染。這個部分非常重要，因為研究人員在檢測中希望能夠極其靈敏地檢測到非常低頻的變異，但這種極度靈敏的狀況往往會導致無法正確區分低頻的變異和低水平的汙染。
在研發出該檢測方法後，公司在細胞係和臨床樣本中都對其進行了驗證。他們將該ctDNA檢測方法檢測已知變異的能力與公司已有的FoundationOne試劑盒和微滴式數字PCR的檢測能力進行比較。在一項驗證試驗中，ctDNA檢測方法與後兩者的檢測結果完全一致，檢測到所有87個體細胞變異，其中包括47個頻率低於5%的變異。
接下來，研發團隊進一步建立了檢測SNVs、Indels和拷貝數變異的靈敏度和陽性預測值。對於1~40個堿基的SNVs和indels變異情況，等位基因頻率為0.5%和1%時，ctDNA檢測的靈敏度和陽性預測值接近99%。而對於拷貝數變異，靈敏度則稍微降低為93%，陽性預測值為98%。
NanoString公司分享新型測序試劑的細節
在上月的JP摩根健康大會上，NanoString公司表示將推出一種新試劑，該試劑將有助於公司進入靶向測序領域。在今年的AGBT上，NanoString公司展出的概念驗證（POC）研究海報上詳細描述了該技術，稱為Hyb&Seq。
基於NanoString公司特有的光學條形碼技術，Hyb&Seq技術不需要經過酶促和擴增就可以完成測序。公司CEO Gary認為，該試劑的設計是為了確保完成一種新的測序流程，它比已有測序方法更快更簡單。該技術主要針對臨床測序市場的目標客戶，NanoString公司的技術能夠與其他技術一樣完成靶向癌症panels的測序工作，同時還能大大降低操作的繁瑣性和時長。在商業方麵，Gary提到，Hyb&Seq簡單易操作，優於已有技術，因此NanoString公司將主要針對臨床測序市場推出該產品。
Gary和研發部高級副總裁Beechem都提到，當公司將Hyb&Seq商業化推出後，它將能夠對包含100~1000個基因的panels進行測序。在公司的POC研究中，Beechem和同事基於公司2015年中旬推出的一款改良nCounter Sprint分析儀，設計出了測序儀樣機。從那時起Beechem開始著手進行Hyb&Seq試劑的早期研發。但是由於缺乏將此過程自動化的儀器，公司無法得到測序準確度以及錯誤率方麵的數據。研究人員表示，在POC試驗中單次單個靶點的測序錯誤率約為2%，而測10個靶點的錯誤率約為2%~4%。
然而Hyb&Seq的商業化仍然需要幾年時間。Beechem談到，這個技術的開發將采取一種穩健的方式進行，在這個過程中，研發人員將有條不紊的增加其複用能力，最終實現對包含100~1000個靶基因的癌症panels進行測序。在今年年底前，他們希望能夠利用該技術測序100個靶基因。
Beechem還提到，研究小組最早開始POC試驗使用的是改良後的nCounter Sprint儀器，但他們計劃研發一台專門使用Hyb&Seq的儀器，該儀器將包含一些Sprint儀器中的部件。
NanoString公司同時也展示了nCounter技術擴展功能的新數據，擴展後的nCounter技術能夠同時檢測蛋白、RNA和DNA。這個所謂的3D生物學方法是該公司從去年開始就重點推出的，此次展示的數據首次證明該技術除了檢測RNA和蛋白外，還能用於檢測SNPs。
不同於Hyb&Seq，NanoString公司已經開始進行該3D生物學方法產品的商業化。在JP摩根大會上，該公司宣布將計劃在今年發布3種DNA panels，3種蛋白panels，以及9種RNA panels。
RainDance公司重組，重點關注單細胞分析、進行Phasing的Linked Reads
為了研發新的產品來拓展研究領域，RainDance Technologies公司進行了重組，裁員約10%。
RainDance公司聯合創始人兼首席技術官Darren Link說，他們在2015年首次公開募股（IPO）後發展迅速，然而鑒於市場環境改變，他們從IPO退出，因而無法繼續雇傭大量員工。Link認為，在商業運行方麵，對一個退出IPO的公司而言，公司規模已經遠遠超出實際需求。
RainDance公司位於美國馬薩諸塞州比勒利卡，去年三月提交了一份IPO的初步募股書，希望能夠籌集6000萬美元。然而在8月時又由於市場的不利條件決定停止募股。
該公司最近決定將重點開發用於單細胞分析和將DNA短reads連接為長reads以進行phasing的新產品。同時，還決定將員工數從巔峰期的115人縮減到100人。
Link指出，公司整個組織機構都出現了改變，裁員首先影響的是公司的商業方麵，下一步RainDance將越來越依賴於美國之外的經銷商，目前已經擁有了亞洲的經銷商，同樣也將在歐洲這樣做。
技術支持和工程團隊沒有發生任何改變，因此當前客戶不會受到影響。公司仍將持續升級現有產品，最新的一款應用於數字PCR數據分析的軟件已在去年年底發布。雖然RainDance短期內沒有增加研發部人員的計劃，但是在今年下半年可能會進行人員擴增。Link說公司將持續觀望市場情況，並選擇恰當的時機重啟IPO。
RainDance公司已經出售了多款產品，包括RainDrop數字PCR係統、以及用於下一代測序靶向富集的ThunderStorm和ThunderBolts係統。Link說，在過去一年中數字PCR的耗材銷售量出現增長，公司在過去的兩年中已經在約20個癌症中心出售了相關產品。
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