生物浸出是利用微生物在生命活動中自身的氧化和還原特性，使資源中的有用成分氧化或還原，以水溶液中離子態或沉澱的形式與原物質分離，或靠微生物的代謝產物與礦物作用，溶解提取礦物有用成分。
礦石（硫化礦 ）的生物浸出是水溶液中多相體係的一個複雜過程，它同時包含了化學氧化、生物氧化和電化學氧化反應。一般認為，在生物浸出過程中，微生物的作用表現在兩方麵，即直接氧化作用和間接氧化作用。
1、微生物的直接氧化作用
直接氧化作用是指微生物與目的礦物直接接觸，加速固體礦物被氧化成可溶性鹽的反應過程，如許多金屬硫化礦物在浸礦微生物的直接氧化作用下會發生浸出反應。
直接氧化作用中細菌的“催化”功能是通過酶催化溶解機製來完成的，細菌在酶解礦物晶格的過程中獲得生長所需的能量。
2、微生物的間接氧化作用
間接氧化作用是指通過微生物代謝產生的化學氧化劑溶解礦物的作用，如上述反應產生的硫酸亞鐵又可作為能源被細菌氧化為硫酸高鐵。
硫酸鐵是一種強氧化劑，可通過化學氧化作用溶解礦物。
間接氧化作用是細菌代謝產物的化學溶解作用，細菌在其中的作用是再生氧化劑———硫酸高鐵，完成生物化學循環，細菌可不與礦物接觸。
在實際細菌浸出過程中，既有直接氧化作用，又有間接氧化作用，屬於一種耦合作用。
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