微生物的分類依據
1. 形態特征
（１）個體形態 鏡檢細胞形狀、大小、排列，革蘭氏染色反應，運動性，鞭毛位置、數目，芽孢有無、形狀和部位，莢膜，細胞內含物；放線菌和真菌的菌絲結構，孢子絲、孢子囊或孢子穗的形狀和結構，孢子的形狀、大小、顏色及表麵特征等。
（２）培養特征
１）在固體培養基平板上的菌落（colony）和斜麵上的菌苔（lawn）性狀（形狀、光澤、透明度、顏色、質地等）；
２）在半固體培養基中穿刺接種培養的生長情況；
３）在液體培養基中混濁程度，液麵有無菌膜、菌環，管底有無絮狀沉澱，培養液顏色 等。
2.生理生化特征
（１）能量代謝 利用光能還是化學能；
（２）對Ｏ2的要求 專性好氧、微需氧、兼性厭氧及專性厭氧等；
（２）營養和代謝特性 所需碳源、氮源的種類，有無特殊營養需要，存在的酶的種類等。
3.生態習性
生長溫度，酸堿度，嗜鹽性，致病性，寄生、共生關係等。
4.血清學反應
用已知菌種、型或菌株製成抗血清，然後根據它們與待鑒定微生物是否發生特異性的血清學反應，來確定未知菌種、型或菌株。
5 噬菌反應
菌體的寄生有專一性，在有敏感菌的平板上產生噬菌斑，斑的形狀和大小可作為鑒定的依據；在液體培養中，噬菌體的侵染液由混濁變為澄清。噬菌體寄生的專業性有差別，寄生範圍廣的謂多價噬菌體，能侵染同一屬的多種細菌；單價噬菌體隻侵染同一種的細菌；極端專業化的噬菌體甚至隻對同一種菌的某一菌株有侵染力，故可尋找適當專化的噬菌體作為鑒定各種細菌的生物試劑。
6 細胞壁成分
革蘭氏陽性細菌的細胞壁含肽聚糖多，脂類少。革蘭陰性細菌與之相反。鏈黴菌屬（Streptomyces）的細胞壁含丙氨酸、穀氨酸、甘氨酸和２，６-氨基庚二酸，而含有阿拉伯糖是諾卡氏菌屬（Nocardia）的特征。黴菌細胞壁則主要含幾丁質。
7 紅外吸收光譜
利用紅外吸收譜技術測定微生物細胞的化學成分，了解微生物的化學性質，作為分類依據之一。
8 ＧＣ含量
生物遺傳的物質基礎是核酸，核酸組成上的異同反映生物之間的親緣關係。就一種生物的ＤＮＡ來說，它的堿基排列順序是固定的。測定四種堿基中鳥嘌呤（Ｇ）和胞密啶（Ｃ）所占的摩爾百分比，就可了解各種微生物ＤＮＡ分子不同源性程度。親緣關係接近的微生物，它們的Ｇ＋Ｇ含量相同或近似的兩種微生物，不一定緊密相關，因為它們的ＤＮＡ的四個堿基的排列順序不一定相同。
9 ＤＮＡ雜合率
要判斷微生物之間的親緣關係，須比較它們的ＤＮＡ的堿基順序，最常用的方法是ＤＮＡ雜合法。其基本原理是ＤＮＡ解鏈的可逆性和堿基配對的專一性。提取ＤＮＡ並使之解鏈，再使互補的堿基重新配對結合成雙鏈。根據能生成雙鏈的情況，可測知雜合率。雜合率越高，表示兩個ＤＮＡ之間堿基順序的相似越高，它們間的親緣關係也就越近。
10 核糖體核糖酸（rＲNA ）相關度
在ＤＮＡ相關度低的菌株之間，rRNA同源性能顯示它們的親緣關係。Rrna-DNA分子雜交試驗可沒定Rrna的相關度，揭示Rrna 的同源性。
11 rRNA的堿基順序
ＲＮＡ的堿基順序由ＤＮＡ轉錄來的，故完全具有相對應的關係。提取並分離細菌內標記的１６SrRNA,以核糖核酸消化，可獲得各種寡核苷酸，測定這些寡核苷酸上的堿基順序，可作為細菌分類學的一種標記。
12 核糖體蛋白的組成分析
分離被測細菌的３０Ｓ和５０Ｓ核糖體蛋白亞單位，比較其中所含核糖體蛋白的種類及其含量，可將被鑒定的菌株分為若幹類群，並繪製係統發生圖。
13 其它
如脂類分析、核磁共振（NMR）譜、細胞色素類型以及輔酶Ｑ的種類（所含異間二烯側鏈的長度）等。
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