芽孢是芽孢杆菌屬和梭菌屬生長到一定階段形成的一種抗逆性很強的休眠體結構，通常為圓形或橢圓形。
芽孢壁厚、透性低，著色、脫色均較困難。因此，用著色力強的染色劑(如孔雀石綠)在加熱條件下進行染色時，染料不僅可以進入菌體，而且也可以進入芽孢，進入菌體的染料可經水洗脫色，而進入芽孢的染色的染料則難以透出，若再用複染液(如沙黃水溶液)染色後，芽孢仍然保留初染劑的顏色，而菌體被染成複染劑的顏色，即菌體和芽孢分別染成紅色和綠色易於區分。
在芽孢染色的過程中最關鍵的操作是：加熱。因為芽孢壁厚、透性低，所以芽孢難以著色，隻有在加熱的條件下，芽孢的滲透性發生了變化，染液才能滲透進入芽孢。因此在芽孢染色時，需要持續加熱染料，使之冒蒸汽，但不能沸騰。加熱染色時間越長，芽孢染色越深。如果最終芽孢著色不夠，多半是加熱不夠所致。
青島betway必威西汉姆联生物技術有限公司的芽孢染色液使用方法：
1、常規塗片，待幹燥後，在火焰上過3次以固定；
2、滴加3-4滴A液於已固定的塗片上；
3、用木夾夾住載玻片在火焰上持續加熱6-8s；
4、待玻片冷卻後，傾去染液，水洗至不再褪色為止；
5、用B液複染1min，水洗至水為無色。待幹燥後，至油鏡觀察，芽孢呈綠色，菌體呈紅色。
注意：第3步，持續加熱6-8s足以使染液冒蒸汽且不會沸騰。
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