同一生態環境和中的各種生物之間相互影響。互為環境，相互聯係，相互依賴，相互製約，相互影響。
一般表現為：互生、共生、競爭、拮抗、寄生、獵食六種關係。
一、互生關係：
是指二種可以單獨生活的生物，當它們共同生活在一起時，相互有利或者一種生物生命活動的結果為另一種生物創造了有利的生活條件。
如：① 分解纖維素的細菌和固氮菌之間。
分解纖維素細菌分解纖維素產生有機酸，固氮菌不能利用纖維素，而利用有機酸為硫源，進行固氮，固定的氮被纖維細菌利用。
② 土壤表層的好氧微生物和厭氧生物之間。
好氧微生物利用氧氣為厭氧微生物創造條件。
③ 根際微生物與高等植物之間。
根際：跟係周圍的土壤裏根際中生活的微生物叫根際微生物。根的脫落物及分泌物為根際微生物提供有機質。根際微生物加速有機質憤激外，或固氮為微生物提供無機鹽。
① 人、恒溫動物腸道內微生物提供與人和動物之間
人、動物為微生物提供適宜溫度及營養物質。微生物活動。為人、及動物提供了氨基酸、維生素等營養。
② 植物體表麵也存在著許多正常的微生物區係
如：種子表麵草生假單胞菌可以抑製，黴菌（青黴、曲黴）及酵母菌的生長。
二、共生關係：
兩種生物共同居住在一起，彼此有利，創造相互有利的營養和生活條件，較單獨生活時更有利，更有生命力。
如：
① 地衣：典型例子。是單細胞澡類或是細菌與真菌的共生體，藻類或蘭細菌從真菌中獲得水份、無機鹽等養料，真菌從藻類或蘭細菌中獲得有機養料，二者相互依存，形成特定的共生體。
② 根瘤菌與豆科植物：根瘤菌從植物中獲得有機物進行固氮，植物利用根瘤菌固定的氮素進行生長。
③ 細菌與原生動物：細菌棲息於原生動物細胞內，獲得營養及保護，原生動物利用細菌的合成物質。
④ 微生物與反芻動物：微生物在反芻動物胃內，獲得營養，及溫度等環境條件，動物利用微生物分解纖維素產生的葡萄糖或纖維二糖，或有機酸等。
⑤ 微生物與昆蟲：
A：外共生：微生物生活在動物細胞外麵，動物腸道內及生活環境中，如：白蟻與腸道內微生物，白蟻不消化纖維素，靠微生物分解。
Ｂ：內共生：微生物在動物細胞內生活。許多昆蟲細胞內含有微生物，對昆蟲生活是必要的，它可以合成維生素等。
三、競爭關係：
二種微生物生活在一起，為爭奪食物、空間等而發生的鬥爭。（使生長受抑製，適應強的微生物占優勢，而排斥另一種微生物。）
如：將二種微生物在液體培養中做分別培養和混合培養，然後計數。結果：分別培養二種微生物個體數多，混合培養個體數少，說明二者混合培養為爭奪食物空間而發生鬥爭。
四、拮抗關係：
一種微生物在生命活動中產生某種代謝產物或改變環境條件（溫度、ＰＨ）而抑製或殺死一種微生物的現象。
（一）非特異性拮抗：無專一性
如：
① 酵母菌產生的乙酸（無氧條件下）可以抑製其他微生物。
② 乳酸菌、醋酸菌：發酵產生乳酸和醋酸，使ＰＨ下降，而抑製多種不耐酸的微生物生長。（醃酸菜）
（二）特異性拮抗：有專一性。
微生物生命活動中產生的代謝產物，隻對某一種或某一類微生物有殺死或抑製作用。可選擇性殺死或抑製其他種微生物生長。
如：微生物代謝產物——抗生素。
① 青黴素：可抑製Ｇ＋、部分Ｇ－菌生長。
② 製黴素：抑製酵母菌和黴菌生長。
③ 鏈黴素等抑製原核微生物生長。
五、寄生關係：
是一種生物生活在另一種生物體的體表或體內，從中攝取營 養物質而進行生長，繁殖，並在一定條件下殺死或傷害另一種生物。前者為寄生物，後者為宿主或寄主。
種類：專性寄生物：寄生物對寄主一般有害，寄生物離開寄主不能生活——專性寄生物。
兼性寄生物：寄生物離開寄主可以營腐生活不死亡。
如：
① 噬菌體與細菌和放線菌。
② 真菌和真菌間，細菌和細菌間。
食菌蛭弧菌能寄生在鼠傷害沙氏門菌，大腸杆菌。假單胞菌內。
盤菌菌絲寄生於毛黴菌絲中，木黴寄生於馬鈴薯絲核菌內。
③ 微生物與高等植物之間，引起植物傳染性病害，導致減產。植物病毒：３５０種，其次真菌、細菌病害。
④ 微生物與人體或動物體的寄生關係：主要是人和動物的病原微生物。有許多細菌、真菌、病毒及病原菌都可寄生在人及動物體內、體表。
六獵食關係：
一種生物捕食另一種生物的現象。原生動物捕食細菌、真菌、藻類等。如：細菌，放線菌，單細胞藻類，真菌孢子是原生動物的食物，為獵食關係。
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