小曲又名藥曲，因曲胚形小而取名為小曲。是用米粉、米糠和中草藥接入隔年陳曲經自然發酵製成。近年來則有不少廠家已采用純種根黴代替傳統小曲。但在名、優酒釀造中仍采用傳統小曲作為接種劑。小曲中加入中草藥是為了促進曲中有益微生物的繁殖和抑製雜菌的生長。
小曲中的優勢微生物種類主要是根黴和少量毛黴、酵母等。此外還有乳酸菌、醋酸菌以及汙染的一些雜菌。如芽孢杆菌、青黴、黃曲黴等。各種小曲中分離得到的根黴菌株其性能各異，糖化力、酒精發酵力和蛋白質分解力等性能依種類不同而異。有些根黴能產生有機酸。如米根黴能產生乳酸，黑根黴能產生延胡索酸和琥珀酸。有些種類則能產生芳香的酯類物質。
小曲在小曲酒的釀造中，起發酵劑的作用。它為酒醅接入糖化菌種(根黴和毛黴)和發酵菌種(酵母菌)。這就是小曲釀酒用曲量小的原因。用小曲釀造的酒一般香味較淡薄，屬於米香型白酒。
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