細菌總數常與菌落總數混用。嚴格來講，細菌總數是所有可培養和不可培養的細菌的總數，指一定數量或麵積的食品樣品，經過適當的處理後，以不依賴於培養的方式進行直接計數。其中包括各種可培養的活菌數、不可培養的活菌數和尚未分解的死菌數。細菌總數通常靠顯微鏡直接計數獲得，通常以1g或1mL或1cm²樣品中的細菌總數來表示。
然而，顯微鏡計數等直接計數法操作繁瑣，而且不能反映細菌的存活情況，因而不常被采用。習慣上，人們仍以平板計數（菌落總數）的方法報告細菌總數
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