隨著現代科學技術的不斷發展，特別是免疫學、生物化學、分子生物學的不斷發展，新的細菌診斷技術和方法已廣泛用於食品微生物的鑒別。傳統的細菌分離、培養及生化反應，已遠遠不能滿足對各種病原微生物的診斷以及流行病學的研究。近年來國內外學者不斷努力，已創建不少快速、簡便、特異、敏感、低耗且適用的細菌學診斷方法，尤其是DNA探針和多聚酶鏈反應技術的發展和應用，明顯提高了細菌的診斷水平。
一、快速酶觸反應及細菌代謝產物的檢測
快速酶觸反應是根據細菌在其生長繁殖過程中可合成和釋放某些特異性的酶，按酶的特性，選用相應的底物和指示劑，將他們配製在相關的培養基中。根據細菌反應後出現的明顯的顏色變化，確定待分離的可疑菌株，反應的測定結果有助於細菌的快速診斷。這種技術將傳統的細菌分離與生化反應有機的結合起來，並使得檢測結果直觀，正成為今後微生物檢測發展的一個主要發展方向。Rosa等將樣本直接接種於Granda培養基，經18小時培養後，B群鏈球菌呈紅色菌落且可抑製其他菌的生長。
Delise等新合成一種羥基吲哚-β-D葡萄糖甘酸（IBDG），在β-D葡萄糖苷酶的作用下，生成不溶性的藍，將一定量的IBDG加入到麥康蓋培養基瓊脂中製成MAC-IBDG平板，
二、免疫學方法檢測細菌抗原或抗體的技術
在細菌診斷中利用免疫學的各種方法日益受到人們的極大關注，從而簡化了病原微生物的鑒定手續。
1．抗血清凝集技術
早在1933年，Lancefield就成功地用多價血清對鏈球菌進行了血清分型。隨著抗體製備技術的進一步完善，尤其是單克隆抗體的製備，明顯提高了細菌凝集實驗的特異性，今天廣泛用於細菌的分型和鑒定，如沙門氏菌、霍亂弧菌等。
2．乳膠凝集實驗
將特異性的抗體包被在乳膠顆粒上，通過抗體與相應的細菌抗原結合，產生肉眼可見的凝集反應。通常此法需獲得細菌純培養物，再將培養物與致敏乳膠反應。業已用於鑒定大腸杆菌O157；H7
3．熒光抗體檢測技術
用於快速檢測細菌的熒光抗體技術主要有直接法和間接法。直接法是在檢測樣品上直接滴加已知特異性熒光標記的抗血清，經洗滌後在熒光顯微鏡下觀察結果。間接法是在檢樣上滴加已知的細菌特異性抗體，待作用後經洗滌，再加入熒光標記的第二抗體。如研製成的抗沙門氏菌熒光抗體，用於750份食品樣品的檢測，結果表明與常規培養法符合率基本一致。
4．協同凝集試驗（COA）
業已證實，葡萄球菌A蛋白（SPA）具有與人及各種哺乳動物IgG的Fc段結合的能力，而不影響抗體Fab段的活性。近年來國內外學者采用抗體致敏的SPA檢測細菌即協同凝集試驗。如Rahman等用協同凝集試驗鑒定霍亂弧菌O1群的初代分離物做快速篩選，比常規法節省時間，對204份材料用兩種方法比較表明協同凝集試驗具有較高的特異性和敏感性。
5．酶聯免疫測試技術
酶聯免疫技術的應用，大大提高了檢測的敏感性和特異性，現已廣泛地應用在病原微生物的檢驗。
應用酶聯免疫技術製造的mini-Vidas全自動免疫分析儀，是用熒光分析技術通過固相吸附器，用已知抗體來捕捉目標生物體，然後以帶熒光的酶聯抗體再次結合，經充分衝洗，通過激發光源檢測，即能自動讀出發光的陽性標本，其優點是檢測靈敏度高，速度快，可以在48小時的時間內快速鑒定沙門氏菌、大腸杆菌O157：H7、單核李斯特菌，空腸彎曲杆菌和葡萄球菌腸毒素等。
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