樣品製備是顯微技術的一個重要環節，直接影響著顯微觀察效果的好壞。一般來說，在利用顯微鏡觀察、研究生物樣品時，除要根據所用顯微鏡使用的特點采用合適的製樣方法外，還應考慮生物樣品的特點，盡可能地使被觀察樣品的生理結構保持穩定，並通過各種手段提高其反差。
1. 光學顯微鏡的製樣
光學顯微鏡是微生物學研究的最常用工具，有活體直接觀察和染色觀察二種基本使用方法。
(1) 活體觀察
可采用壓滴法、懸滴法及菌絲埋片法等在明視野、暗視野或相差顯微鏡下對微生物活體進行直接觀察。其特點是可以避免一般染色製樣時的固定作用對微生物細胞結構的破壞，並可用於專門研究微生物的運動能力、攝食特性、及生長過程中的形態變化如細胞分裂、芽孢萌發等動態過程。
①壓滴法：將菌懸液滴於載玻片上，加蓋蓋玻片後立即進行顯微鏡觀察；
②懸滴法：在蓋玻片中央加一小滴菌懸液後反轉置於特製的凹載玻片上後進行顯微鏡觀察。為防止液滴蒸發變幹，一般還應在蓋玻片四周加封凡士林；
③菌絲埋片法：將無菌小塊玻璃紙鋪於平板表麵，塗布放線菌或黴菌孢子懸液，經培養，取下玻璃紙置於載玻片上，用顯微鏡對菌絲的形態進行觀察。
(2) 染色觀察
一般微生物菌體小而無色透明，在光學顯微鏡下，細胞體液及結構的折光率與其背景相差很小，因此用壓滴法或懸滴法進行觀察時，隻能看到其大體形態和運動情況。若要在光學顯微鏡下觀察其細致形態和主要結構，一般都需要對它們進行染色，從而借助顏色的反襯作用提高觀察樣品不同部位的反差。
染色前必須先對塗在載玻片上的樣品進行固定，
其目的有二：一是殺死細菌並使菌體粘附於玻片上，二是增加其對染料的親和力。
常用酒精燈火焰加熱和化學固定二種方法。固定常常利用高溫，手執載玻片的一端（塗有標本的遠端），標本向上，在酒精燈火焰外層盡快的來回通過3—4次，共約2—3秒鍾，並不時以載玻片背麵加熱觸及皮膚，不覺過燙為宜（不超過60℃）,放置待冷後，進行染色。
以上這種固定法在微生物實驗室中雖然應用較多普遍，但是應當指出，在研究微生物細胞結構時不適用，應采用化學固定法。化學固定法最常用的固定劑有：酒精（95%），酒精和醚各半的混合物，丙酮，1—2%的餓酸等。餓酸能很快固定細胞但不改變其結構，故較常用。應用餓酸固定細胞的技術如下：在培養皿中放一玻璃，在玻璃上放置玻璃毛細管，在毛細管中注入少量的1—2%餓酸溶液，同時在玻璃上再放置濕標本塗片的載玻片，然後把培養皿蓋上，經過1—2分鍾後把標本從培養皿中取出，並使之幹燥。
固定時應注意盡量保持細胞原有形態，防止細胞膨脹和收縮。而染色則根據方法和染料等的不同可分為很多種類，如細菌的染色，可簡單概括如下：
抗酸染色法： 抗酸杆菌類一般不易著色，需用強濃染液加溫或延長時間才能著色，但一旦著色後即使用強酸、強堿或酸酒精也不能使其脫色。其原因有二：一是細菌細胞壁含有豐富的蠟質(分支菌酸)，它可阻止染液透人菌體內著染，但一旦染料進入菌體後就不易脫去；二是菌體表麵結構完整，當染料著染菌體後即能抗禦酸類脫色，若胞膜及胞壁破損，則失去抗酸性染色特性。
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