1 、生態學篩選方法
自然界尤其是土壤中棲息著繁多的抗生菌，許多種有價值的抗生素產生菌都是從土壤中篩選出來的。
篩選的一般程序：① 初選，將土壤懸液稀釋接種於洋菜平麵培養基上，培養基中同時接種大量特定病原菌菌體或孢子。具有對特定病原菌有抗生作用的抗生菌長成菌落，分泌出抗生素，抑製周圍病原菌的生長，產生透明的抑菌圈，分離出來作為初選對象。 ② 複選，考查初選菌株對防治特定疾病病原微生物的效果和對於人類、動植物有無藥害副作用。③ 抗生素鑒定，進行抗生素化學鑒定，④ 抗菌譜測定，能達到一藥多用。
2 、遺傳學方法
新抗生素的來源從天然微生物擴大到用基因工程、細胞融合等新技術創造出來的微生物。
獲得適合於前體添加的生物合成突變株（突變合成）。製備雜種菌株，使產生雜種抗生素。采用基因克隆，改變生物合成途徑。或通過結合、轉基因、原生質體融合、真菌的有性和無性周期進行重組。采用原生質體促進轉化和轉導，特定基因的定向克隆。基因文庫的隨機克隆，產生一個基因庫。
盡管目前有成千上百的抗生素藥物用於治療各種疾病，但是麵對層出不窮的人類和動植物的新疾病和許多致病菌日益增高的抗藥性，人類對於新抗生素的尋找未敢絲毫放鬆，微生物仍然是拯救人類藥物的巨大資源寶庫。
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