（一）標本采集的一般原則
1.早期采集：采集時間最好是病程早期、急性期或症狀典型時，而且必須在使用抗生素或其他抗菌藥物之前采集。
2.無菌采集：采集的標本應無外源性汙染。
在采集血液、腦脊液、胸腔積液、關節液等無菌標本時，應注意對局部及周圍皮膚的消毒，嚴格進行無菌操作；
對於與外界相通的腔道，如竇道標本應由竇道底部取活組織檢查，而不應從竇道口取標本，以免受皮膚表麵正常菌群的汙染，造成混淆和誤診；
對於從正常菌群寄生部位（如口腔）采集的標本，應明確檢查的目的菌，在進行分離培養時，采用特殊選擇性培養基。
采集的標本均應盛於無菌容器內，盛標本的容器須先經高壓滅菌、煮沸、幹熱等物理方法滅菌，或用一次性無菌容器，而不能用消毒劑或酸類處理。
3.根據目的菌的特性用不同的方法采集：厭氧菌、需氧或兼性厭氧菌，以及L型菌采用的方法不同。
4.采集適量標本：采集量不應過少，而且要有代表性，同時有些標本還要注意在不同時間采集不同部位標本。
5.安全采集：采集標本時不僅要防止皮膚和黏膜正常菌群對標本的汙染。同時也要注意安全，防止傳播和自身感染。
（二）標本的處理
一些對環境敏感的細菌如腦膜炎奈瑟菌、淋病奈瑟菌和流感嗜血杆菌等應保溫並立即送檢，而其他所有的標本采集後最好在2h之內送到實驗室。若不能及時送檢，標本應置於一定環境中保存，如屍檢組織、支氣管洗液、心包液、痰、尿等標本應保存在4℃環境中。腦脊液、滑膜液等則要在25℃保存。一般情況下，用於細菌培養的標本保存時間不應超過24h。
厭氧性標本應放在專門的運送瓶或試管內運送，有時可直接用抽取標本的注射器送。
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