Eberth(1880)及Gaffky(1884)最早發現了傷寒杆菌，Salmon和Smith(1885)有患豬霍亂的豬分離出豬霍亂杆菌，1990年為級聯豬霍亂杆菌的共同發現者美國細菌學家D.E.Salmon，因此，並本菌屬之名為沙門菌屬（Salmonella genus）。由於人類對沙門氏菌的認識日益加深，對沙門菌屬的定義亦在不斷完善。
在《腸杆菌的定義》第4版（1986）中沙門菌屬是由符合腸杆菌科和沙門菌族（Salmonelleae)定義，能運動的細菌所組成。產生H2S，甲基紅陽性，能脫羧賴氨酸、精氨酸和鳥氨酸，不形成靛基質和不水解尿素，（V-P）試驗陰性，苯丙氨酸和色氨酸不脫氨。極大多數亞種Ⅲa、Ⅲb菌株能發酵乳糖。但亞種Ⅰ、Ⅱ、Ⅳ、Ⅴ（即S.bongori，下同）的菌株不發酵乳糖。蔗糖、側金盞花醇、棉子糖不產酸，a-甲基葡糖苷陰性。亞種Ⅰ、Ⅱ、 Ⅴ菌株能利用衛茅醇；但亞種Ⅲa、Ⅲb和Ⅳ衛茅醇陰性。亞種Ⅲa、Ⅲb、 Ⅳ或Ⅴ菌株不發酵肌醇。
《Bergey’s鑒定細菌學手冊》第9版（1994）對沙門氏菌的描述為：沙門菌為G-直杆菌，大小（0.7-1.5)μm× （2.0-5.0)μm，菌落直徑2-4mm。通常具有周鞭毛，能運動，兼性厭氧，最適培養溫度37℃，發酵D-葡萄糖及其他糖類產酸，通常產氣，氧化酶陰性，觸酶陽性，靛基質和V-P試驗陰性，甲基紅（MR）試驗及西蒙枸櫞酸鹽陽性，賴氨酸和鳥氨 脫羧陽性，精氨酸雙水解酶反應不定。產生H2S，不水解尿素，氰化鉀培養基生長和利用丙二酸鹽不定，能還原硝酸鹽，通常發酵L-阿拉伯糖、麥芽糖、D-甘露醇、 D-甘露糖、L-鼠犁糖、D-山犁糖和D-木糖。
早期細菌的分類主要依據細菌形態、生化和血清型特性，將沙門菌屬分類為各種不同的血清型，1960年考夫曼根據沙門菌屬生化特性，將沙門菌屬分為4個亞屬（Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ）。20世紀80年代初期，由於將噬菌體的裂解實驗和DNA相關度的研究資料應用於沙門菌屬的分類。因此，對早先的一些細菌分類做了必要的變更，其中包括亞利桑那菌屬由原先腸杆菌科的獨立菌屬，歸入沙門菌屬亞種Ⅲa和Ⅲb。DNA相關度研究顯示，考夫曼的4個亞屬分類與勒密諾
的DNA群分類相一致。之後勒密諾根據DNA分群將亞利桑那菌分為Ⅲa（單相）和Ⅲb（雙相）2個亞種，並將一些生化不典型的沙門菌按DNA相關度進一步分為亞種Ⅵ，原先的亞種Ⅴ也升為種級分類。因此勒密諾最終將沙門菌屬分為腸道沙門菌和邦戈爾沙門菌兩個種，並將腸道沙門菌分為6個亞種。
2007年WHO國際沙門菌協作和研究中心將懷特-考夫曼表解（K-W表解）更名為懷特-考夫曼-勒密諾表解（WKLM表解），從1934年首次公布的K-W表解僅包括44個血清型，70多年來不斷增加了大量的新的血清型，截止2007年1月出版的WKLM表解第9版已經包括2579個血清型。
在曆史文獻中通常以所致疾病名稱、分離菌的地名、人名、船名等多種方式表示，目前規定腸道沙門菌腸道亞種（亞種Ⅰ）給予專用名，並采用標本分離地址的地名等，菌名的外文第1個字母需大寫。如：S.Typhimurium 。
邦戈爾沙門菌和腸道沙門菌的其它亞種均不給予專用名，隻在亞種數字名（羅馬數字）後直接書寫抗原式表示。如：S. Ⅴ66:z35:-；S. Ⅲb47：z52:1。用羅馬數字雖不易書寫，但可避免與O抗原數字混淆。所以，理應執行WHO國際沙門菌協作和研究中心采用羅馬數字的規定。
沙門菌分類在許多實驗室受重視程度不同，有關沙門菌實驗室分離和鑒定的許多書籍中的一些理論已經和現在的分類出現了分歧，許多實驗室人員對微生物分類和命名有關的心理了解不足而造成國內有檢測能力的許多實驗室的有經驗的技術人員沒有及時正確的報道分離的新型沙門菌血清型，事實上目前國內已經報道的沙門菌型數遠遠落後於已經別發現的沙門菌型數。沙門菌有個種，6個亞種的分類模式與亞種之間的生化特性是現階段鑒別沙門菌亞種與血清型的理論，其形式並不是不變的，可能還將繼續發展和豐富，隻不過在現階段全球範圍內正處於理論平衡的階段。
有關沙門菌的書寫目前在國內沒有明確規定，所以無法詮釋應該過不應該選側何種書寫形式，縱觀全球範圍也沒有同意推薦的書寫形式，但在歐洲與美國有相對統一的書寫形式。
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