根據《病原微生物實驗室生物安全管理條例》第七條、第八條的規定，對動物病原微生物分類如下：
一、 一類動物病原微生物
口蹄疫病毒、高致病性禽流感病毒、豬水泡病病毒、非洲豬瘟病毒、非洲馬瘟病毒、牛瘟病毒、小反芻獸疫病毒、牛傳染性胸膜肺炎絲狀支原體、牛海綿狀腦病病原、癢病病原。
二、 二類動物病原微生物
豬瘟病毒、雞新城疫病毒、狂犬病病毒、綿羊痘/山羊痘病毒、藍舌病病毒、兔病毒性出血症病毒、炭疽芽孢杆菌、布氏杆菌。
三、 三類動物病原微生物
多種動物共患病病原微生物：低致病性流感病毒、偽狂犬病病毒、破傷風梭菌、氣腫疽梭菌、結核分支杆菌、副結核分支杆菌、致病性大腸杆菌、沙門氏菌、巴氏杆菌、致病性鏈球菌、李氏杆菌、產氣莢膜梭菌、嗜水氣單胞菌、肉毒梭狀芽孢杆菌、腐敗梭菌和其他致病性梭菌、鸚鵡熱衣原體、放線菌、鉤端螺旋體。
牛病病原微生物：牛惡性卡他熱病毒、牛白血病病毒、牛流行熱病毒、牛傳染性鼻氣管炎病毒、牛病毒腹瀉/粘膜病病毒、牛生殖器彎曲杆菌、日本血吸蟲。
綿羊和山羊病病原微生物：山羊關節炎/腦脊髓炎病毒、梅迪/維斯納病病毒、傳染性膿皰皮炎病毒。
豬病病原微生物：日本腦炎病毒、豬繁殖與呼吸綜合症病毒、豬細小病毒、豬圓環病毒、豬流行性腹瀉病毒、豬傳染性胃腸炎病毒、豬丹毒杆菌、豬支氣管敗血波氏杆菌、豬胸膜肺炎放線杆菌、副豬嗜血杆菌、豬肺炎支原體、豬密螺旋體。
馬病病原微生物：馬傳染性貧血病毒、馬動脈炎病毒、馬病毒性流產病毒、馬鼻炎病毒、鼻疽假單胞菌、類鼻疽假單胞菌、假皮疽組織胞漿菌、潰瘍性淋巴管炎假結核棒狀杆菌。
禽病病原微生物：鴨瘟病毒、鴨病毒性肝炎病毒、小鵝瘟病毒、雞傳染性法氏囊病病毒、雞馬立克氏病病毒、禽白血病/肉瘤病毒、禽網狀內皮組織增殖病病毒、雞傳染性貧血病毒、雞傳染性喉氣管炎病毒、雞傳染性支氣管炎病毒、雞減蛋綜合征病毒、禽痘病毒、雞病毒性關節炎病毒、禽傳染性腦脊髓炎病毒、副雞嗜血杆菌、雞毒支原體、雞球蟲。
兔病病原微生物：兔粘液瘤病病毒、野兔熱土拉杆菌、兔支氣管敗血波氏杆菌、兔球蟲。
水生動物病病原微生物：流行性造血器官壞死病毒、傳染性造血器官壞死病毒、馬蘇大麻哈魚病毒、病毒性出血性敗血症病毒、錦鯉皰疹病毒、斑點叉尾鮰病毒、病毒性腦病和視網膜病毒、傳染性胰髒壞死病毒、真鯛虹彩病毒、白鱘虹彩病毒、中腸腺壞死杆狀病毒、傳染性皮下和造血器官壞死病毒、核多角體杆狀病毒、蝦產卵死亡綜合症病毒、鱉鰓腺炎病毒、Taura綜合症病毒、對蝦白斑綜合症病毒、黃頭病病毒、草魚出血病毒、鯉春病毒血症病毒、鮑球形病毒、鮭魚傳染性貧血病毒。
蜜蜂病病原微生物：美洲幼蟲腐臭病幼蟲杆菌、歐洲幼蟲腐臭病蜂房蜜蜂球菌、白堊病蜂球囊菌、蜜蜂微孢子蟲、跗腺蟎、雅氏大蜂蟎。
其他動物病病原微生物：犬瘟熱病毒、犬細小病毒、犬腺病毒、犬冠狀病毒、犬副流感病毒、貓泛白細胞減少綜合症病毒、水貂阿留申病病毒、水貂病毒性腸炎病毒。
四、 四類動物病原微生物
是指危險性小、低致病力、實驗室感染機會少的獸用生物製品、疫苗生產用的各種弱毒病原微生物以及不屬於第一、二、三類的各種低毒力的病原微生物。
